About Me
- FeBrizal Ahmad Syah
- Sejatinya, kita tak pernah sungguh - sungguh sendiri, sebab sepi pasti akan menemani.-anonim-
Senin, 02 Januari 2012
JMol
20.06 | 
Diposting oleh
FeBrizal Ahmad Syah |
Jmol adalah sebuah web browser applet.
Ini adalah gambar diam, tetapi Anda bisa mendapatkan tampilan animasi Jmol dengan mengklik here.
(Applet mungkin memerlukan beberapa detik untuk memuat. Silahkan, Tunggu dan jangan kembali halaman tersebut untuk sementara.)
Jmol adalah open source penampil Java untuk tiga-dimensi struktur kimia,dengan fitur untuk bahan kimia, kristal, bahan dan biomolekul. Fitur termasuk membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi multi-frame file dan modus normal dihitung dari program kuantum.
sumber: http://jmol.sourceforge.net/
Ini adalah gambar diam, tetapi Anda bisa mendapatkan tampilan animasi Jmol dengan mengklik here.
(Applet mungkin memerlukan beberapa detik untuk memuat. Silahkan, Tunggu dan jangan kembali halaman tersebut untuk sementara.)
Jmol adalah open source penampil Java untuk tiga-dimensi struktur kimia,dengan fitur untuk bahan kimia, kristal, bahan dan biomolekul. Fitur termasuk membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi multi-frame file dan modus normal dihitung dari program kuantum.
Overview
Jmol ini aplikasi gratis, open source penampilan molekul untuk siswa, pendidik, dan peneliti dalam bidang kimia dan biokimia. Ini adalah cross-platform, yang berjalan pada sistem Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix.
- JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web.
- Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.
- JmolViewer adalah alat pengembangan kit yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.
How to cite Jmol
Cara yang disarankan untuk mengutip Jmol adalah:
Jmol: open-source Java penampil untuk struktur kimia dalam 3D.http://www.jmol.org/
Jika Anda suka, daftar artikel yang menjelaskan Jmol dapat ditemukan di bagian Jmol Literature dari Wiki Jmol.
What Jmol can do
Samples
Lihat Screenshot Gallery (gambar diam) untuk melihat contoh apa yang dapat dilakukan dengan Jmoldan Demonstration pages untuk melihat tombol dan menu dalam tindakan(applet interaktif).
Features
- Gratis, open source software berlisensi di bawah Lisensi GNU Lesser General Public License.
Applet, Aplikasi, dan Sistem Integrasi Komponen.
- JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Ini sangat ideal untuk pengembangan berbasis web Courseware dan webdiakses dengan database kimia. JmolApplet menyediakanjalur upgrade untuk pengguna Chime plug-in.
- Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.
- JmolViewer ini dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam aplikasi Java lainnya.
- Multi-bahasa
- Diterjemahkan ke dalam beberapa bahasa: Catalan (ca), Chinese (both zh_CN and zh_TW) Czech (cs), Dutch (nl), Finnish (fi) French (fr), German (de), Hungarian (hu), Indonesian (id), Italian (it), Korean (ko), Malay (ms), Portuguese - Brazil (pt_BR), Spanish (es), Turkish (tr), Ukrainian (uk) (in addition to the native American English, en-US, and British English, en-GB).
- Otomatis mengadopsi bahasa dari sistem operasi pengguna,jika di antara terjemahan yang tersedia. Anda dapat mengubah ke bahasa lain jika diinginkan.
- Untuk up-to-date rincian atau petunjuk untuk menambahkanbahasa Anda, lihat the Wiki
- Cross-platform
- Windows
- Mac OS X
- Linux / Unix
- Mendukung semua web browser utama: Internet Explorer, Mozilla dan Firefox, Safari, Google Chrome, Opera, Konqueror, IceWeasel, ...
- Kinerja tinggi render 3D yang tidak memerlukan persyaratanhardware
- Format file (lihat juga bagian file formats dalam Jmol Wiki):
| MOL | MDL / Elsevier / Symyx structure (classic version V2000) |
| V3000 | MDL / Elsevier / Symyx structure (new version V3000) |
| SDF | MDL / Elsevier / Symyx structure (multiple models) |
| CTFile | MDL / Elsevier / Symyx chemical table (generic) |
| CIF | Crystallographic Information File - standard from the International Union of Crystallography |
| mmCIF | Macromolecular Crystallographic Information File - standard from the International Union of Crystallography |
| CML | Chemical Markup Language |
| PDB | Protein Data Bank - Research Collaboratory for Structural Bioinformatics |
| XYZ | XYZ format, XMol file - Minnesota Supercomputer Institute |
| XYZ+vib | XYZ format with added vibrational vector information |
| XYZ-FAH | XYZ format for Folding@home |
| MOL2 | Sybyl, Tripos |
| Alchemy | Tripos |
| CSF | Fujitsu CAChe chemical structure, now Fujitsu Sygress |
| GAMESS | General Atomic and Molecular Electronic Structure System output (both US and UK variants) - Gordon Research Group, Iowa State University |
| Gaussian | Gaussian 94/98/03 output - Gaussian, Inc. |
| Cube | Gaussian, Inc. |
| Ghemical | The Ghemical computational chemistry package |
| MM1GP | Ghemical molecular mechanics file |
| HIN | HIN / HIV files from HyperChem - Hypercube, Inc. |
| Jaguar | Schrodinger, LLC |
| MOLPRO | Molpro output |
| MOPAC | MOPAC 93/97/2002 output (public domain) |
| MGF | MOPAC 2007 (v.7.101) graphf output (public domain) |
| NWCHEM | NWChem output - Pacific Northwest National Laboratory |
| odydata | Odyssey data - WaveFunction, Inc. |
| xodydata | Odyssey XML data - WaveFunction, Inc. |
| QOUT | Q-Chem, Inc. |
| SHELX | Structural Chemistry Department, University of Göttingen (Germany) |
| SMOL | Spartan data - Wavefunction, Inc. |
| spinput | Spartan data - Wavefunction, Inc. |
| GRO | Gromos87 format from GROMACS |
| PQR | Modified pdb format including charge and radius |
| Amber | The Amber package of molecular simulation programs |
| JME | Java Molecular Editor - Peter Ertl |
| CASTEP | The CASTEP software package, uses density functional theory |
| FHI-aims | Full-potential / all-electron electronic structure theory with local orbitals - Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft |
| VASP | VASP / VAMP / Vienna ab-initio simulation package |
| DGrid | Miroslav Kohout, Max-Planck Institute |
| ADF | ADF output - Amsterdam Density Functional |
| XSD | Accelrys Materials Studio |
| AGL | ArgusLab |
| DFT | Wien2k |
| AMPAC | AMPAC output - Semichem, Inc. |
| WebMO | WebMO interface to computational chemistry packages |
| Molden | Electron density / molecular orbitals |
| PSI3 | Output files from the PSI3 suite of quantum chemical programs |
| CRYSTAL | Output files from CRYSTAL, a computational tool for solid state chemistry and physics. Theoretical Chemistry Group, Univ. Torino, Italy |
Files which are compressed with gzip will automatically be decompressed
- getaran
- animasi
- permukaan
- orbital
- Dukungan untuk sel satuan dan operasi simetri
- Skema bentuk untuk struktur sekunder pada biomolekul
- pengukuran
- jarak
- sudut
- torsi sudut
- Dukungan untuk RasMol / berpadu bahasa scripting
- JavaScript dukungan perpustakaan (Jmol.js)
- Ekspor ke jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya,VRML, X3D, idtf, halaman web.
Langganan:
Posting Komentar (Atom)
0 komentar:
Posting Komentar